文帝败亡前后，朱棣杀了很多曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。
如齐泰、黄子澄、方孝孺、景清等，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，均满门获罪。
魏国公徐辉祖因抵抗朱棣而被下狱，后释放并削其爵位。黄观状元的身份被革去，故明代保持连中三元的记录的只有商辂一人。
也有投降而存的，如：盛庸、平安、何福、梅殷等。
归附并出力的建文旧臣封爵的也有，如：
李景隆：仍为曹国公，增禄，世袭；
王宁：永春侯，世袭；
茹瑺：忠诚伯，以终本身；
王佐：顺昌伯，子孙世袭指挥使；
陈瑄：平江伯，子孙世袭指挥使。
下附参与靖难之役的皇亲国戚在靖难之役前后对比：
姓名身份靖难时靖难后
惠帝朱允炆朱元璋之孙大明皇帝一说自焚，一说失踪
成祖朱棣朱元璋第四子燕王登基称帝，开创盛世
周王朱橚朱元璋第五子削爵，免为庶人，流放云南，后被禁锢京城复爵，归藩
齐王朱榑朱元璋第七子削爵，免为庶人，圈禁京师复爵，归藩
代王朱桂朱元璋第十三子削爵，免为庶人复爵，归藩
宁王朱权朱元璋第十七子加入朱棣阵营，随其靖难移封南昌
岷王朱楩朱元璋第十八子削爵，免为庶人复爵，归藩
谷王朱橞朱元璋第十九子朱允炆阵营，献南京城降朱棣移封长沙
燕王世子朱高炽朱棣长子朱棣阵营，留守北平立为皇太子
高阳郡王朱高煦朱棣次子朱棣阵营加封汉王
郡王朱高燧朱棣三子朱棣阵营加封赵王
驸马都尉梅殷朱元璋女婿朱允炆阵营，任淮安总兵，战败被俘被朱棣授意谋害
驸马都尉王宁朱元璋女婿向朱棣泄密，被朱允炆囚禁释放，加封永春侯
驸马都尉李坚朱元璋女婿朱允炆阵营，任左副将军，加滦城侯，被俘病死
驸马都尉胡观朱元璋女婿朱允炆阵营，战败被俘释放
庆城郡主朱元璋侄女济南中代表朱允炆阵营到朱棣阵营议和
长兴侯耿炳文朱允炆亲家朱允炆阵营，讨伐朱棣，兵败被弹劾，上吊自杀
驸马都尉耿璇朱允炆姐夫朱允炆阵营称疾不出，坐罪死
燕府仪宾袁容朱棣女婿朱棣阵营加封驸马都尉、广平侯
燕府仪宾李让朱棣女婿朱棣阵营加封驸马都尉、富阳侯
魏国公徐辉祖朱棣妻舅朱允炆阵营削爵，幽禁
大都督徐增寿朱棣妻舅秘密参与朱棣阵营，被朱允炆斩杀追封武阳侯，谥忠愍，进定国公
曹国公李景隆朱允炆表兄兵败撤职，后献城投降最初得到礼遇，后被撤职囚禁